I resti di insediamenti maya ritrovati a Copán, nella zona occidentale del paese, risalgono almeno al 1000 a.C., ma come altre città-stato maya, anche questa fu misteriosamente abbandonata intorno al 900 d.C.. Colombo mise piede per la prima volta sulla terraferma americana a Trujillo, nel nord dell'Honduras, nel 1502 e battezzò il paese con un nome derivante dalle profonde acque al largo della costa caraibica ('honduras' significa profondità). Gli spagnoli si stabilirono a Trujillo nel 1525, ma presto si dedicarono alla colonizzazione dei più freschi altipiani. Stabilirono la capitale a Comayagua, nell'Honduras centrale, nel 1537 e la città restò il centro politico e religioso del paese per 350 anni, fino al 1880, quando la capitale venne trasferita a Tegucigalpa.
Gli indios opposero resistenza al colonialismo spagnolo e, secondo alcuni storici, riuscirono quasi a scacciare i colonizzatori dalla terraferma. Lempira, il capo della tribù Lenca, guidò 30 mila indios contro gli spagnoli, ma nel 1538 fu assassinato a tradimento durante i negoziati di pace; entro l'anno successivo la resistenza fu annientata. Nel 1570 la scoperta di filoni d'oro e d'argento nelle vicinanze di Tegucigalpa attrasse i pirati inglesi e olandesi nella zona di Trujillo. Intorno al 1600 gli spagnoli stimarono che a Roatán si erano insediati 5000 bucanieri inglesi. Nel 1643 Trujillo fu saccheggiata dai pirati olandesi e gli spagnoli non vi fecero ritorno fino al 1787.
Mentre la Spagna concentrava le proprie energie all'interno del paese, gli inglesi furono attratti dal mogano dei boschi della costa caraibica, dove fecero insediare le popolazioni nere della Giamaica e delle Antille per la raccolta del legname. Cogliendo un appello dei capi misquito, gli inglesi dichiararono protettorato britannico l'intera fascia costiera che dall'Honduras si estendeva fino al Nicaragua. Il protettorato fu conservato fino al 1859, quando la zona venne ceduta all'Honduras.
La Spagna concesse l'indipendenza al paese nel 1821. Successivamente l'Honduras fece brevemente parte del Messico indipendente per poi unirsi alla Federazione dell'America centrale. I conflitti tra conservatori e liberali determinarono la secessione dalla federazione e, nel 1838, la dichiarazione di indipendenza dell'Honduras e la costituzione di uno stato autonomo. Da allora in poi il potere si è alternato tra due fazioni politiche e una sequela di regimi militari. Da quando è diventato indipendente, l'Honduras ha assistito a centinaia di colpi di stato, rivolte, 'irregolarità' elettorali e manipolazioni machiavelliche. Il più scellerato di tali episodi fu l'incursione del filibustiere statunitense William Walker, che nel 1860 compì un infausto tentativo di conquista dell'America centrale e venne sconfitto proprio a Trujillo.
Se William Walker fallì nell'ottenere il controllo dell'Honduras per conto degli Stati Uniti, ebbero invece successo le compagnie statunitensi della frutta. Intorno alla fine del XIX secolo le terre della fertile costa honduregna settentrionale vennero acquistate a condizioni generose da società statunitensi che intendevano esportare le banane negli Stati Uniti meridionali. Tre società americane (la Standard Fruit, la Cuyamel Fruit e la United Fruit) riuscirono a ottenere il possesso del 75% delle piantagioni di banane dell'Honduras. Nel 1913 il commercio di banane copriva il 66% di tutte le esportazioni del paese, il che attribuì a quelle società un considerevole potere nella politica honduregna. Ciascuna società si alleò con una delle fazioni politiche del paese e le rivalità tra le tre compagnie statunitensi governarono la politica dell'Honduras per tutta la prima metà del XX secolo.
Nel 1969 tra l'Honduras ed El Salvador si svolse un breve conflitto noto come 'guerra del calcio', durante il quale le truppe salvadoregne invasero il territorio honduregno e bombardarono gli aeroporti del paese. La guerra, che ebbe luogo durante una partita di calcio per la qualificazione alla Coppa del Mondo tra le squadre dei due paesi, fu alimentata dal supposto maltrattamento degli immigranti salvadoregni in Honduras. Il conflitto durò soltanto 100 ore, ma esacerbò le relazioni tra i due paesi vicini per oltre un decennio.
Negli anni Ottanta l'Honduras si trovò in mezzo ai rivolgimenti del Nicaragua, del Salvador e del Guatemala e quando i sandinisti rovesciarono Somoza, il paese divenne il rifugio della guardia nazionale del dittatore nicaraguegno (meglio nota come Contras). La potente influenza statunitense, gli aiuti e l'assistenza militare USA mantennero la stabilità nell'Honduras per tutto quel periodo, durante il quale il paese divenne il centro nevralgico delle operazioni politiche e strategiche attuate dagli Stati Uniti nella regione. Durante le azioni di provocazione condotte dagli Stati Uniti per destabilizzare il Nicaragua, nel paese si riversarono ingenti somme di denaro e migliaia di truppe USA che impiegarono i campi per rifugiati nicaraguegni nell'Honduras quali basi per la loro guerra segreta. Inoltre, gli Stati Uniti usarono i campi honduregni per rifugiati del Salvador come campi di addestramento per i militari salvadoregni. La pubblica indignazione, l'instabilità politica, la rivelazione dello scandalo Iran-Contras e la notizia che 12 mila Contras operavano da basi situate in Honduras diedero origine a manifestazioni anti-americane che attrassero una folla di 60 mila persone a Tegucigalpa. Alla fine il governo riesaminò il ruolo dell'Honduras quale base per le operazioni militari statunitensi e si rifiutò di sottoscrivere un nuovo trattato militare con gli Stati Uniti ordinando ai Contras di lasciare il paese. Nel 1990, con l'elezione di Chamorra alla presidenza del Nicaragua, la guerra dei Contras terminò e questi si ritirarono definitivamente dall'Honduras.
Da allora, i problemi del paese sono stati principalmente di natura economica e l'Honduras ha registrato una caduta nelle esportazioni, un crescente debito estero e una riduzione del PIL pro capite. Da quando l'Honduras ha perso il proprio ruolo centrale nella politica statunitense in America centrale, gli Stati Uniti hanno ridimensionato gli aiuti al paese e, sebbene il volume degli scambi commerciali con l'Europa corrisponda ora al doppio di quello registrato con gli Stati Uniti, l'Honduras è ancora esposto alle incostanti fluttuazioni dei prezzi delle banane e del caffè. Il partito liberale di centro-destra è guidato dal presidente Carlos Flores Facussé, eletto nel novembre 1997. Flores ha forti legami con gli Stati Uniti ed è co-proprietario del quotidiano La Tribuna.
Nel novembre del 1998 le organizzazioni internazionali di soccorso e di aiuto umanitario si sono riversate in America centrale per collaborare alla ricostruzione successiva alla catastrofe dell'uragano Mitch, la cui furia si è abbattuta principalmente sull'Honduras. I tre giorni di piogge che hanno fatto seguito all'uragano hanno provocato smottamenti e alluvioni che hanno seppellito intere città distruggendo oltre 100 ponti in tutto il paese. Lo straripamento del Rio Choluteca ha devastato Tegucigalpa, la capitale, trascinando con sé ogni cosa e lasciandosi dietro un oceano di fango. Entro il 2000 si è posto rimedio ai molti disastri dell'uragano Mitch, ma le cattive abitudini ambientali che scatenano le inondazioni, come per esempio la deforestazione, la monocoltura e la rapida espansione urbana, non sono state abbandonate.
Per stimolare l'economia, nel giugno 2000 l'Honduras, insieme a El Salvador e al Guatemala, ha firmato un accordo di libero scambio con il Messico.
Le elezioni del gennaio 2002 sono state vinte da Ricardo Maduro, leader del Partido Nacional, che ha promesso di mettere freno alla criminalità e alla corruzione. II nuovo presidente ha incrementato gli organici della polizia e delle forze armate per contrastare le attività criminali (sequestro di persona e bande giovanili) che affliggono le città.
Sono state tuttavia frequenti le manifestazioni di protesta contro il presidente Maduro, accusato di svendere le ricchezze del paese a settori privati nazionali e internazionali. Così, nel gennaio del 2006 la carica è passata a Manuel Zelaya, del Partido Liberal de Honduras